En 2016, el IGFAE fue acreditado Unidad de Excelencia «María de Maeztu», integrando la alianza de centros Severo Ochoa y María de Maeztu (SOMMa). Este programa del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades identifica y promueve la excelencia en centros punteros de investigación, y los apoya a mejorar su impacto, liderazgo internacional y competitividad.

La acreditación María de Maeztu se conforma como una gran oportunidad para impulsar el rendimiento científico del IGFAE en la búsqueda de algunas de las preguntas más fundamentales en Física. La ayuda, comprendida en 2 millones de euros, tiene una duración de 4 años (renovables tras una evaluación) y permite acceder a convocatorias de financiación específica, tanto para recursos humanos como para apoyo a infraestructuras.

En marzo de 2024, el IGFAE obtuvo por segunda vez el sello como Unidad de Excelencia María de Maeztu. La distinción permitirá desarrollar el proyecto estratégico del Instituto durante los próximos años, y continuar con la evolución iniciada durante el anterior período de acreditación. El IGFAE es, hasta el momento, el único centro gallego en recibir este reconocimiento de excelencia.